یکی از چالش‌‌های کلیدی در مطالعات حقوق کشورهای اسلامی چگونگی فهم و تعامل با مفاهیم مدرنی است که بیرون از این حقوق و در ارتباط با سنت‌ها و تحولات حقوقی در غرب پدیدار شده است. از حیث نظری دولت مدرن بر اساس توافق اجتماعی و در چارچوب قانون اساسی شکل می‌گیرد و قانون نیز برساخته نهادهای قانون‌گذاری بشری است که از طریق فرایندهای دموکراتیک استقرار می‌یابند. قانون در چنین ساختاری از طریق مشارکت و گفتگوی میان افراد، احزاب و گروه‌های سیاسی و مبتنی بر نیازسنجی و به‌منظور ادارۀ بهتر امور، حکمرانی مطلوب و حل‌وفصل مسائل جامعه وضع و قابل ارزیابی و نقد می‌شود. در مقابل آن، شرع برساخته ارادۀ الهی است که بر مبنای پیش‌فرض‌های کلامی آن، برای سعادت انسان‌ها توسط خداوند که شارع حکیم است، مقرر می‌شوند و از مجرای روش‌شناسی خاصی احکامش استنباط و استخراج می‌شوند و برای مکلفان و تابعانش لازم‌الرعایه. این دو در بسیاری از مسائل و موضوعات از جمله در حوزۀ کیفری نه‌تنها همسو و همراه نیستند، بلکه در نقطۀ مقابل هم قرار می‌گیرند. جمع میان دوگانه‌های شرع و حقوق در قوانین اساسی در کشورهای اسلامی از همان ابتدا منشأ اختلاف و مناقشه‌های گسترده‌ای بود که تاکنون نیز نه‌تنها حل ‌نشده است، بلکه هر روز بر دامنه و ابعاد نقصان نظریه‌های مطرح در آشتی میان این دو افزوده می‌شود. برخی کشورها، هرچند اسلام را منبع اصلی قانون‌گذاری تلقی کرده‌اند، به دلایل مختلفی سازوکاری برای کنترل حفظ و بقای این برتری پیش‌بینی نکردند و در عمل قوانین کیفری آن‌ها به سمت عرفی‌سازی و وضع قانون در چارچوب و فرایند قانونی مقرر در قوانین اساسی پیش رفته است. در این میان، نمونه‌هایی از تلاش برای طراحی طرح‌واره یا نظامی جهت انطباق قوانین با شرع یا دست‌کم عدم مغایرت با آن وجود دارد که از آن جمله می‌توان به تجربۀ جمهوری اسلامی ایران اشاره کرد. افزون بر ایران، نیجریه و پاکستان نیز دو نمونۀ دیگر برای مطالعۀ موردی در این خصوص‌اند که هریک در اجرای احکام کیفری شرع به‌ویژه حدود با دشواری‌ و کشمکش‌های خاصی مواجه‌ شده‌اند؛ در نیجریه، مشاجره بر سر اختلافاتی است که میان ایالت‏های شمال و جنوب با تقسیم جمعیتی مسیحی و مسلمان وجود دارد. پاکستان از هم‌پوشانی میان نظام دادگاه‌های فدرال شریعت و دادگاه‌ها‌ی معمولی رنج می‌برد که مطالعۀ تصمیمات متخذه در دعاوی کیفری این کشور می‌تواند مفید باشد.